Cuando Lorenzo Córdova aún era presidente del INE en 2015 se burló de un representante indígena; este hecho se agregó en los libros de texto de sexto de primaria como un acto de discriminación
La Segunda Sala de la Suprema Corte de Justicia de la Nación (SCJN) otorgó un amparo a Lorenzo Córdova para que la Secretaría de Educación Pública (SEP) elimine su mención de los libros de texto; esta mención hace referencia a una burla del expresidente del Instituto Nacional Electoral sobre un representante indígena.
La sentencia que emitió la Corte ordena que la SEP debe suspender la distribución del libro «Proyectos comunitarios» de sexto año de primaria de los ciclos escolares 2023-2024 y 2024-2025 y eliminar su mención en próximas ediciones.
Sin embargo, los libros de texto ya se entregaron al 100% porque esos ciclos escolares ya concluyeron.
Eurípides Flores, director general jurídico de la SEP, aclaró a Animal Político que en los libros de texto de este ciclo escolar 2025-2026 ya no aparece el nombre de Lorenzo Córdova y en su lugar, se hace referencia a un exfuncionario.

Pese a esta modificación, en la versión digital aún aparece el nombre del expresidente del INE.
¿Qué dijo Córdova de los pueblos originarios?
En 2015 cuando Córdova aún presidía en Instituto Nacional Electoral, existió una intervención ilegal de una de sus llamadas telefónicas; en ésta dijo lo siguiente:
No mames cabrón es que desde la dramáticas reuniones con los padres de Ayotzinapa, hasta eso, a ver, había un mundo. No voy a mentir, te voy a decir cómo hablaba ese cabrón, decía: <yo jefe gran nación chichimeca, vengo Guanajuato. Yo decir a ti o diputados para nosotros o yo no permitir tus elecciones> Yo no sé si sea cierto que hable así cabrón, pero no mames vio mucho Llanero solitario, le faltó decir: <yo gran jefe toro centavo, líder gran nación chichimeca».
Tras la filtración de esta conversación telefónica, Lorenzo Córdova presentó una denuncia ante la entonces Procuraduría General de la República, de donde se originó una investigación.

Cabe precisar, que el expresidente del INE impugnó el contenido del libro de texto en agosto de 2024, por lo que una jueza federal se lo concedió y posteriormente presentó un recurso adhesivo que fue el que llegó a la Corte.
Votación de la Segunda Sala de la Corte
El amparo que se otorgó a Lorenzo Córdova lo aprobaron con tres votos a favor y dos en contra: los ministros Javier Laynez Potisek y Alberto Pérez Dayan votaron a favor, mientras que las ministras Yasmín Esquivel Mossa y Lenia Batres Guadarrama en contra.
Sin embargo, al encontrarse en un «empate», se solicitó la votación del ministro Jorge Mario Pardo Rebolledo, quien votó a favor, por lo que se concedió el amparo a favor del expresidente del INE.